Unityを3から4にアップデートしたところ、Unity Editorのコンソールをダブルクリックすると今までは対応部分のソースコードをMONOで開いてくれたんですが、一瞬MONOのスプラッシュがでるだけで何も起きなくなりました…
そして下記を発見
Monodevelop 4 - no code hinting
やり直したら動くようになりました。別のPCでクリーンインストールした際には発生しなかったので、アップデートした際に古いMONOの情報をどこかで見てるのかもしれません。
# コントロールパネルからUnityをアンインストール
# C:\Program Files (x86)\Unityを削除
# Unityの再インストール